Initiation à la technologie docker

Docker est un standard du développement open source qui permet le déploiement d’applications grâce à la technique des conteneurs. Une application et ses dépendances sont figées dans un conteneur isolé et reproductible. La formation couvre l’installation de Docker, les commandes essentielles, la création d’images et le déploiement d’applications R et shiny, jusqu’à leur mise en ligne avec shinyproxy.

Technologies et packages utilisées :
docker ubuntu shiny

Public concerné

  • Les utilisateurs R qui souhaitent apprendre à déployer des applications shiny ou des applications R
  • Les utilisateurs R qui souhaitent pouvoir reproduire des environnements définis et figés

Prérequis

Il est demandé de bien connaître R pour suivre cette formation.

  • savoir écrire des fonctions en R
  • connaître les outils RStudio ou Visual Studio Code
  • avoir une appétence au codage

Objectifs pédagogiques

À l’issue de la formation, le participant sera en mesure de :

  • Créer des images dockers
  • Encapsuler des applications dans un docker
  • Faire communiquer plusieurs conteneurs
  • Déployer une application dockerisée sur un serveur

Programme de la formation

Cette formation permet d’utiliser Docker pour packager et déployer des applications R et shiny dans des conteneurs reproductibles.

Le plan de formation est détaillé ci-dessous :

  • Fonctionnement de Docker
    • Conteneurs, images et couches
    • Dockerfile, registres d’images et Docker Hub
    • Architecture de Docker et grandes étapes
  • Installation de Docker (Windows et WSL 2, macOS, Linux)
  • Les commandes essentielles
    • Récupérer une image (pull), lancer et piloter un conteneur
    • Mode interactif, nommage, nettoyage des conteneurs et des images
    • Les images R : rocker-org, Jupyter Docker Stacks
    • Atelier pratique
  • Linux pour Docker
    • Chemins, manipulation de fichiers et gestion des droits
    • Gestion des paquets (dépôts Ubuntu et tiers), variables d’environnement
  • Créer ses propres images
    • Le Dockerfile : instructions et couches
    • Workflow, tags et publication sur Docker Hub
    • Automatisation avec l’intégration continue
    • Atelier pratique : packages R, copie de fichiers, build et déploiement
  • Conteneuriser une application R / shiny
  • Faire communiquer plusieurs conteneurs
    • Réseaux (networks), ports et volumes de stockage
  • Déployer une application avec shinyproxy
    • Le fichier de configuration et ses options
    • Test en local et personnalisation de l’apparence
    • Déploiement : sous-domaines, reverse-proxy et passage en HTTPS

Modalités

Modalités pédagogiques

Notre formation s’articule sur une alternance d’apports théoriques et de pratiques :
  • Exposés théoriques réalisés par le formateur
  • Apport d’expériences de le formateur
  • Echanges et retours d’expérience entre les participants.
  • Exercices et ateliers d’application permettant aux stagiaires de pratiquer concrêtement.

Modalités d’évaluation initiale

Une évaluation préalable à l’entrée en formation est réalisée dès la demande d’inscription afin d’identifier les connaissances et les besoins de chaque futur participant.

Modalités d’évaluation finale

  • Évaluation sous forme d’autoevaluation
  • Questionnaire d’évaluation
  • Test de positionnement en début et fin de la formation pour valider les compétences acquises

Documentation remise aux stagiaires

  • Les supports de cours au format PDF
  • Ces mêmes supports contiennent les exercices et leurs corrections

Outils utilisés lors de la formation

  • Shell ou Powershell
  • VS Code ou positron
  • R
  • Navigateur moderne (Chrome, FireFox, Edge, Safari)
  • Docker

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